boot時に「輝度を自動で調節したいならメーカーに連絡して」みたいなメッセージが出る、僕のノートPCなのですが。
実際のところ起動してしまえば、輝度は問題なく調整できるわけです。ただ、再起動をかけると毎回、輝度が100（一番明るい状態）に戻ってしまうのは「なんとなく不便だなー」と思いつつも、実際のところ再起動をかけるのは5〜7日に1回きりなので、そんなに不便でもないんですが、自動化できることはなるべく自動化しておいた方がいいと思うのです。
というわけで簡易的なやり方。
/etc/rc.localを編集してexit 0より前に以下の行を追加します。
su -c 'echo 40 > /sys/class/backlight/acpi_video0/brightness'
40という数字は明るさを表わしている数字なので、僕の環境では40ぐらいが目が疲れないというだけなので、この数字は適当に個人の環境にあわせればいいと思います。
起動後に輝度を「このぐらいかな？」というところまで調整したあとに、
cat /sys/class/backlight/acpi_video0/brightness
として数字を確認して設定すると良いです。